ich bin 2011 nach kopenhagen gefahren, und dabei auch über berlin gekommen. ich bin damals wien-st. georgen an der gusen am donauradweg gefahren, und dann weiter rauf über die grenze in dolni dvoriste, budweis, tabor, prag und dann den elberadweg bis kurz nach dresden. dann einfach quer durch die botanik gemäß einer karte von radweit.de (sehr empfehlenswerte seite!) nach berlin.
aus jetziger sicht würde ich allerdings etwas anders fahren: es gibt einen ausgezeichnet dokumentierten radweg http://www.greenways.at/greenways-prag-wien/, der wirklich super ist (zumindest der teil in tschechien, den ich kenn). prag selber würde ich mir ehrlich gesagt sparen, hat mir weder touristisch noch radfahrtechnisch gefallen. der elberadweg dann ist wieder supergenial, vor allem die sächsische schweiz ist ein traum, den man sich nicht entgehen lassen sollte. leider ist dann aber die strecke durch brandenburg ein bissi langweilig bis deprimierend, da ist nicht viel außer verfallener städte, ein paar tierfabriken und so zeug. war das einzige mal, wo ich ein bissi sorge gehabt hab, nix zum schlafen zu finden (war ohne zelt unterwegs). wenn ich mich recht erinnere, hab ich glaub ich damals ca. 6 tage gebraucht.