Wie Zap schon gesagt hat, mußt Du den Wunsch auf Zivildienst bis zu einem gewissen Zeitpunkt vor Zustellung des Einberufungsbefehls bei der zuständigen Stelle einbringen.
Oder Du entscheidest Dich gleich bei der Musterung.
Die genauen Fristen werden Euch aber dort noch erklärt, da brauchst Du keine Angst haben. 6 Wochen vor Zustellung des Einberufungsbefehls können stimmen (und dieser wird frühstens 6 Monate nach der Musterung zugestellt).
Wennst BH wählst, kannst einen Wunsch bezüglich der zukünftigen Funktion abgeben. Allerdings wird dieser Wunsch in der Praxis kaum berücksichtigt (wie das mit "Wünschen" beim Heer eben so ist). Außer Du meldest Dich für einen total unbeliebte Stelle.
Für den Zivildienst gibt's da eine eigene Stelle.
Auf alle Fälle solltest Du schon im voraus überlegen wie Deine weitere Planung aussieht.
So besteht beim Heer die Möglichkeit eine Verzichtserklärung einzubringen um möglichst schnell eingezogen zu werden (sonst müssen mindestens 6 Monate zwischen Musterung und Einberufung vergehen!).
Beim Zivildienst mußt Du in Wien mit Wartezeiten bis zu 3 Jahren rechnen (keine AHnung ob das noch stimmt).
Jedenfalls gibt's es keinen Aufschub mehr für Studenten. Wenn Du also zwischen Musterung und Einberufung zu studieren beginnst, dann mußt Du das Studium unterbrechen.
Wenn Dir aus gesundheitlichen Gründen ein Aufschub angeboten wird, dann solltest Dir auch gut überlegen ob Du den annimmst. Denn nur in den seltensten Fällen wird man dann irgendwann wirklich untauglich. Und einziehen können sie Dich bis zu, 35. Geburtstag. Es ist also nicht sinnvoll sich die nächsten Jahre immer wieder mit Gesundheitsattesten um einen Aufschub zu bemühen, um dann vielleicht später einmal die berufliche Tätigkeit wegen Präsenz-/Zivildienst unterbrechen zu müssen.